Компания Д в марте 2022 года произвела таможенное оформление товара и применила льготу по уплате НДС методом зачета. Данная льгота была предусмотрена статьей 427 Налогового кодекса и приказом МНЭ РК от 21 февраля 2018 года №67 "Об утверждении Перечня товаров, по которым НДС уплачивается методом зачета и правил его формирования" (далее - "Приказ МНЭ №67").
31 марта 2022 года в Приказ МНЭ №67 были внесены изменения, которые задним числом исключили товар из перечня товаров, по которым НДС мог быть уплачен методом зачета. Департамент государственных доходов Восточно-Казахстанской области (далее - "ДГД") в рамках проверки по СУР вынес в адрес Компании Д уведомление об устранении нарушения в связи с неправомерным применением льготы по уплате НДС методом зачета.
Компания Д, не согласившись с вынесенным уведомлением, предоставила пояснение с приложением подтверждающих документов. Несмотря на полученное пояснение ДГД вынес решение о признании уведомления об устранении нарушения неисполненным.
Выводы суда апелляционной инстанции: